明永乐七年(1409年)格鲁派创始人宗喀巴在帕竹地方政权贵族仁钦贝、仁钦伦布父子的资助下主持兴建。全寺共分夏孜、绛孜二札仓（经学院），过去规定僧人定额为3300人。重楼复殿，至为壮观。寺内保存有明清两代许多珍贵文物，宗喀巴的灵塔也建于寺内。该寺主持，藏语称甘丹赤巴，宗喀巴首座弟子贾曹杰接替宗喀巴法位，为首任甘丹赤巴，其后，每七年一任，至1954年已传至九十六代。甘丹赤巴名义上是甘丹寺座主，实际上是格鲁派教主的地位。